Masked autoencoders are scalable learners of cellular morphology

Auteurs : Oren Kraus, Kian Kenyon-Dean, Saber Saberian, Maryam Fallah, Peter McLean, Jess Leung, Vasudev Sharma, Ayla Khan, Jia Balakrishnan, Safiye Celik, Maciej Sypetkowski, Chi Vicky Cheng, Kristen Morse, Maureen Makes, Ben Mabey, Berton Earnshaw

4 pages, 4 figures
Licence : CC BY-NC-SA 4.0

Résultats du processus de synthèse de l'article arXiv : 2309.16064v1

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Résumé : Inferring biological relationships from cellular phenotypes in high-content microscopy screens provides significant opportunity and challenge in biological research. Prior results have shown that deep vision models can capture biological signal better than hand-crafted features. This work explores how weakly supervised and self-supervised deep learning approaches scale when training larger models on larger datasets. Our results show that both CNN- and ViT-based masked autoencoders significantly outperform weakly supervised models. At the high-end of our scale, a ViT-L/8 trained on over 3.5-billion unique crops sampled from 95-million microscopy images achieves relative improvements as high as 28% over our best weakly supervised models at inferring known biological relationships curated from public databases.

Soumis à arXiv le 27 Sep. 2023

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